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红米手机设置短信加密可以通过以下步骤完成。
1、打开手机，进入“设置”。
2、在设置里找到并点击“应用锁”选项。
3、进入应用锁后，打开“开启自定义密码”或选择使用指纹的方式。
4、设置好密码后，在应用锁页面找到并打开“短信”的开关，这样，短信应用就被加密了，当需要打开短信应用时，会要求输入之前设置的密码或验证指纹。
如果想单独对某个联系人或特定短信进行加密保护，可以通过第三方应用来实现，可以下载并安装一些隐私保护软件或加密通信应用，这些应用通常提供对特定联系人或短信进行加密的功能，不过请注意，使用第三方应用时要确保选择可信赖的应用，并注意保护个人隐私和信息安全。
仅供参考，可以根据手机版本和操作系统版本的不同，具体设置可能会有所差异，如有更多疑问，建议咨询小米官方客服或查阅相关使用教程。